Tem como objetivo promover assistência médico-hospitalar, odontológica, de profilaxias, campanhas sanitárias e epidemiológicas de prevenção, bem como instituir o atendimento e acolhimento humanizado aos usuários da rede municipal de saúde. É também responsável pela programação, análise, execução e atualização das Políticas Públicas de Saúde estabelecidas pelo Ministério da Saúde, além da articulação e coordenação de projetos e campanhas no âmbito municipal.
Dentre suas atribuições está proporcionar suporte técnico e financeiro no desenvolvimento de projetos e capacitação profissional na área municipal de saúde.
A Secretaria trabalha de maneira coordenada e articulada com empresas privadas, autarquias, organizações não-governamentais (ONG´s) e instituições públicas nas esferas Municipal, Estadual e Federal.

Suas atribuições se dividem nas seguintes áreas de atuação:

1 – Assistência, que compreende a Atenção Básica, de Média

e de Alta Complexidade.

2 – Vigilância em Saúde, que aborda a Vigilância Sanitária e a Vigilância Epidemiológica.